Ci, którzy odważą się zapuścić w mroczne zaułki miasta, mogą usłyszeć szepty i tajne narady rodzących się stowarzyszeń, z których w przyszłości wyrosną najpotężniejsze tajne organizacje. Odkrycie tajemniczych, starożytnych, a nawet magicznych artefaktów sprawia, że ambitne ugrupowania eksperymentują z niezwykłą energią i manipulują społeczeństwem, aby posunąć swoje badania nad nieznanym o krok dalej. Każda organizacja podąża własną ścieżką, odkrywając sekrety i budując swoją reputację poprzez coraz śmielsze działania.
Clandestine to klimatyczna gra strategiczna wykorzystuje mechanikę mancali połączoną z zazębiającymi się rondlami. Gracze wykonują akcje we wspólnej przestrzeni, jednocześnie planując unikalne działania dostępne tylko dla własnej organizacji. W swojej turze zagrywasz sekrety, aktywujesz publicznego lub należącego do Twojej organizacji przywódcę oraz wykonujesz tajne operacje. Dzięki nim odkrywasz artefakty, prowadzisz badania nad sekretami, usuwasz chaos ze swojej organizacji i rozwijasz ją na wiele innych sposobów.
Gra kończy się, gdy jeden z graczy rozwinie swoją organizację do maksymalnego, piątego poziomu. Zwycięża ten, którego tajna organizacja zgromadzi najwięcej punktów intrygi.