Kiedyś przodkowie graczy odkryli lub stworzyli źródło magii, jego dokładne pochodzenie zaginęło w historii. Wokół niego powstała niewielka, ukryta społeczność, która stara się chronić to miejsce i utrzymać jego istnienie w tajemnicy.
Niestety, do miasta zaczynają przybywać magiczne istoty, półmaterialne, półeteryczne byty znane jako dżiny. Ich obecność zagraża stabilności źródła. Jako młodzi adepci Gildii Magicznej gracze otrzymują zadanie schwytania tych istot i zabezpieczenia miasta. Aby to zrobić, muszą łapać dżiny do specjalnych butelek oraz zamykać je korkami wykonanymi z kory drzewa rosnącego przy źródle magii. Ten, kto najlepiej poradzi sobie z ochroną miasta i schwytaniem dżinów, zostanie przyjęty do wewnętrznego kręgu Gildii i uzyska dostęp do jej najgłębszych tajemnic.
W grze Djinn gracze poruszają się po mapie składającej się z trzynastu lokacji, z których część umożliwia interakcję z dżinami, a pozostałe zapewniają zasoby i akcje. Lokacje pozwalają m.in. zdobywać butelki i korki, gromadzić magiczną energię, kupować przedmioty, zatrudniać pomocników, odkrywać skróty i wykonywać inne specjalne działania.
W każdej rundzie gracz może dotrzeć tylko do ograniczonej liczby lokacji, co wymusza planowanie ruchów i priorytetów. Kluczowe jest odpowiednie zarządzanie czasem i zasobami, aby zdobyć wszystko, co potrzebne do schwytania dżinów w odpowiednim momencie.
Gra kończy się, gdy wszystkie sześć potężnych dżinów-bossów zostanie złapanych i usuniętych z mapy. Następnie gracze zdobywają punkty za schwytane istoty, a zwycięża ten, kto najlepiej opanował kontrolę nad magicznym zagrożeniem.