Emerald Echoes to narracyjna przygodowa gra logiczna z pięknie ilustrowanymi zagadkami i namacalnymi artefaktami. Przez pryzmat historycznego badacza gracze odkrywają historię legendarnej alchemiczki i jej towarzyszy. Opowieść rozgrywa się w czterech rozdziałach, a Emerald Echoes jest samodzielną kontynuacją gry The Emerald Flame.
W każdym rozdziale znajduje się zestaw nienazwanych przedmiotów oraz seria zielonych teczek z zagadkami oznaczonych numerami w kolejności rozwiązywania (1.1, 1.2, 1.3 itd.). Łącznie jest trzynaście takich teczek. Są też niebieskie teczki, które nie zawierają zagadek, ale również należy je otwierać w odpowiedniej kolejności, aby odkrywać kolejne fragmenty historii.
Każda zielona teczka zawiera co najmniej jeden dokument do analizy, stanowi on punkt wyjścia do odkrywania, które przedmioty są potrzebne do rozwiązania zagadki. W każdej teczce znajduje się również kieszeń z kartą „Analiza”, zawierającą stopniowe podpowiedzi oraz rozwiązanie danej zagadki.