Islebound: Emerald Edition to specjalna edycja gry zawierająca zmienione elementy oraz poprawione zasady. Najlepiej traktować ją jako wariant pierwotnej wersji, a nie jako drugą edycję. Dla posiadaczy pierwszego wydania dostępny był zestaw aktualizacyjny Islebound: Emerald Edition Upgrade Pack. Metalowe monety oraz pomalowane drewniane statki można było również nabyć osobno jako zestaw ulepszonych elementów.
W tej wersji usunięto zasób książek znany z oryginalnej gry i zastąpiono go szmaragdami. Szmaragdy pełnią inną funkcję niż wcześniejszy zasób, zdobywasz je podczas odwiedzania miast należących do innych graczy oraz przejmowania miast. Musisz wykorzystywać je do kupowania kart budynków, ale mogą również służyć do aktywowania specjalnych zdolności, takich jak zachowanie piratów i węży po zakończonej walce.
Talia budynków została zmieniona tak, aby uwzględniała nowy zasób. Zawiera zmodyfikowane karty z podstawowej wersji gry, a także wybrane karty pochodzące z dodatku Metropolis. Do Islebound: Emerald Edition nie powstanie osobny dodatek z kartami budynków, a dodatek Metropolis nie jest kompatybilny z tą wersją gry.
Rewersy płytek załogi można wykorzystać również w grze Above and Below.