Po tragicznej misji superbohaterów, która pociągnęła za sobą wiele ofiar, zatwierdzono ustawę o ewidencji nadludzi, zmuszając bohaterów do ujawnienia swoich tajnych tożsamości i poddania się nadzorowi rządowemu. Iron Man zgodził się z tą polityką i zebrał wokół siebie zwolenników wśród superbohaterów, aby ją egzekwować. Z drugiej strony Kapitan Ameryka uważał, że bohaterowie powinni być poza bezpośrednią kontrolą rządu. Inni bohaterowie, którzy nie popierają tej ustawy, dołączyli do niego, stając się banitami i tworząc Secret Avengers. Nieuchronnie wybuchł gwałtowny konflikt między obiema stronami, a teraz złoczyńcy zeszli na dalszy plan. Niegdyś sprzymierzeni bohaterowie ścierają się teraz ze sobą w wojnie domowej!
To rozszerzenie wprowadza zupełnie nowy sposób gry w Marvel United. Tryby rozgrywki Civil War sprawiają, że jest to prawdziwa rozgrywka "gracz vs gracz", w której dwie drużyny bohaterów ścierają się ze sobą, bez żadnego złoczyńcy w zasięgu wzroku.