Shogun przenosi graczy do Japonii stojącej u progu wojny, gdy opadające płatki wiśni przypominają szepty poległych. Młody następca tronu jest jedynie symbolem, a prawdziwa władza znajduje się w rękach pięciu daimyo, którzy wiedzą, że to oni mają prawo sięgnąć po tron. Gracze wcielają się w jednego z tych możnych lordów, dowodząc rodem wywodzącym się z historycznej kuźni i walczącym o dominację nad krajem.
Każdy klan rozpoczyna grę w innym regionie mapy, której kształt odzwierciedla wyspy Japonii. Asymetria frakcji odgrywa kluczową rolę - jeden klan polega na szybkości i wykorzystaniu sprzyjających wiatrów, inny działa z ukrycia, uderzając w najmniej spodziewanym momencie. Każdy klan posiada unikalne zdolności i własny styl prowadzenia wojny, co sprawia, że nie istnieją dwie identyczne strategie, a każda decyzja wynika z dziedzictwa wybranej linii krwi.
Gracze rozwijają swoje terytoria, dbając o pola ryżowe spowite mgłą, które zapewniają niezbędne zasoby, wznoszą potężne zamki zdolne przetrwać oblężenia oraz gromadzą armie ashigaru i samurajów związanych nienaruszalnym kodeksem honorowym. W trakcie rozgrywki można odkrywać sekrety śmiercionośnych technologii wojennych, wzmacniać lojalność wasali, przejmować wioski i kluczowe szlaki handlowe, a także stawać do bitew na polach, gdzie starcie stali rozstrzyga los prowincji.
Jednak siła militarna to tylko część drogi do władzy. W pałacowych salach oświetlonych blaskiem lampionów równie ważną rolę odgrywa dyplomacja. Gracze mogą zawierać kruche sojusze, składać obietnice i zrywać je, gdy tylko pojawi się ku temu okazja. Manipulowanie relacjami, przyciąganie sprzymierzeńców lub ich odrzucanie oraz uważne obserwowanie nastrojów wokół dziedzica tronu wpływają na niewypowiedziane losy całego imperium.
Shogun to strategiczna gra o władzy, honorze i zdradzie, w której każdy ruch, zarówno na polu bitwy, jak i przy stole negocjacyjnym, może przybliżyć do korony albo pogrzebać ambicje na zawsze.