Poprowadź swoją rodzinę do rozbudowy gospodarstwa poza znane granice lasu. Wraz z rozwojem osady pod Twoim sztandarem będą gromadzić się kolejni osadnicy. Będziesz uprawiać ziemię, zakładać nowe osady i kształtować przyszłość swojej społeczności. Musisz jednak zachować ostrożność. Rozrastająca się cywilizacja może zakłócić spokój duchów wciąż zamieszkujących dzikie ostępy. Yokai uważnie obserwują Twoje poczynania, a jeśli zlekceważysz ich obecność, ich psoty mogą pokrzyżować Twoje plany. Zwiększaj swoje wpływy, dostosowuj strategię i przyciągaj odpowiednich osadników, aby zdobywać punkty zwycięstwa.
W Shugendo każdy gracz dysponuje własną talią kart. W trakcie rozgrywki będzie ją rozwijać, zastępując słabsze karty początkowe potężniejszymi kartami osadników. Każda runda składa się z trzech faz: odkrywania, akcji i rekrutacji. W fazie odkrywania gracze odsłaniają kolejne karty, dopóki sami nie zdecydują się zakończyć lub nie „przeciążą” się, odsłaniając 7 lub więcej symboli yokai. W takim przypadku w danej rundzie mogą wykonać tylko jedną z dwóch pozostałych faz: akcję albo rekrutację. W fazie akcji gracze rozwijają swoje tory na podstawie odkrytych kart, a następnie wykonują jedną z głównych akcji: eksplorację, ekspansję lub rozwój.
Na koniec, w fazie rekrutacji, otrzymują różne premie wynikające z odkrytych kart i pozyskują nowe karty spośród tych odblokowanych w kolejnych erach.