W przestworzach planety Dopheus gracze wcielają się w Dopplerów – przypominające salamandry istoty posiadające jeden umysł, ale dwa ciała. Ich zadaniem jest odnalezienie kryształów i ponowne uruchomienie systemu obronnego monolitów, aby powstrzymać inwazję złowrogich Strażników. Podczas swojej przygody będziecie mogli korzystać z ponad 30 różnych statków powietrznych, eksplorując świat i walcząc o władzę nad Dopheusem.
Rozgrywka w Sky Empire trwa przez kilka rund. Dzięki dwóm ciałom swojego Dopplera możecie działać jednocześnie w różnych miejscach. Jedno z nich może zostać wysłane do Rady, aby wykonywać dostępne tam akcje, drugie natomiast może działać bezpośrednio na mapie i korzystać z unikalnych zdolności postaci. Możliwe jest również wykonywanie obu rodzajów działań.
Akcje na mapie uruchamiane są poprzez umieszczanie żetonów inicjatywy na kafelkach. Pozwala to przemieszczać się pomiędzy obszarami, eksplorować nowe tereny, produkować zasoby, wznosić konstrukcje oraz walczyć z przeciwnikami.
Aby zwyciężyć, musicie zdobyć cztery kryształy, aktywować monolit i objąć tron Imperatora Dopheusa.