Akcja gry rozgrywa się 12 lat po wydarzeniach z poprzedniej części gry.
W Mercurial Alchemia wcielasz się w początkującego Alchemika w tętniącym życiem mieście Concordia, będącym centrum współpracujących ze sobą gildii. Nocami będziesz pielęgnować własne terrarium pełne niezwykłych roślin, grzybów i stworzeń, zbierając je, by wydobyć ich potencjał i użyć docelowo do warzenia eliksirów. Za dnia zaś odwiedzisz tętniący życiem Bazar Taliq, gdzie zdobędziesz różne odczynniki, aby rozwijać swój magiczny ekosystem. Odwiedzisz również Runiczne Kamienie, monumentalne krystaliczne struktury obdarzające twoje terrarium magicznymi zaklęciami. Na swojej drodze spotkasz innych Alchemików oraz towarzyszące im Chowańce, nawiązując współpracę mimo nieustannej rywalizacji.
Warząc eksperymentalne eliksiry na sprzedaż Gildii, przekonasz się, jak istotny jest dobór odpowiednich składników. Ich wyjątkowe właściwości mogą wzajemnie się wzmacniać lub osłabiać, a to od twoich umiejętności i mistrzostwa zależeć będzie, czy osiągniesz kolejne przełomy w alchemii, czy poniesiesz spektakularną porażkę.
Wyrusz w niezwykłą alchemiczną podróż, podczas której stworzysz swoje magnum opus… a być może nawet odkryjesz legendarny Kamień Filozoficzny!